不好意思，我不熟悉中文的神學用語，所以不全肯定你用的這兩個學名是指哪個理論。以下是以我的推測而作的回應，若不正確，請明示。
「變質說」，我想是指 “transubstantiation”，因為名稱上是說本質改變，即 “substance”（質）的 “trans”-formation（變）。這是天主教的正宗理論，說明在彌撒成聖禮品時，餅酒的外貌雖然沒變，它們的本質卻完全變成了主耶穌的光榮體血。這是源於耶穌在最後晚餐時，清楚說明「這是我的身體」，「這一杯是我的血」，而不是「這餅亦是我的身體」或「這餅代表我的身體」。耶穌是天主，祂在創世時說「有光」就有光，自然祂說「是我的身體」，就全然是祂的身體了，不再是餅酒了。
而「臨在說」呢？這我就真的不肯定你指的是甚麼了，在網上也找不到這用詞的定義。我只能猜想是指基督只是「臨在」於餅酒中，而不是餅酒本身亦完全地客觀地改變成耶穌體血的現實。這類走偏其實在中世紀前已有，但特別在新教中重現。馬丁路德提倡 consubstantiation（共質），因為他不能接受仍看似餅的聖體不再是餅，就推論就如天主可以三位一體，那麼餅與基督兩種截然不同的「質」也可「共」存於聖體了。加爾文不接受基督可持續留於聖體，所以說基督藉領聖餅而進入教友，餅沒有客觀改變。但以上及類同的論說，就如我已指出，並不符合耶穌清楚聲明的，這的確是我的身體，我的血。在此可說，自稱「唯獨聖經者」，違反聖經。
但當然，「臨在說」亦可只是指基督臨在於聖體，可能是一種很籠統的說法亦不然。這乃是近代不少神學家的態度：為能與不同派別共融溝通，放下神學的語言，重視於聖體為我們象徵着耶穌的真實臨在；即是說：重視於這是耶穌，輕於這怎樣是耶穌。這自然為共融祈禱有用，但卻不能盡表達聖體的奧蹟。
但就如我已說過，我只是猜想「臨在說」是甚麼回事，希望以上能幫助你。