讓我個別回答
一，「基督教」
有些用詞上先要澄清。你說天主教與新教同屬的，是 Christianity, 正確些該譯作「基督宗教」。原因是，「基督教」一字，是新教徒原用來分別他們才是基督徒，而不是天主教徒；亦因此「基督教」原就是 Protestantism 的官方譯名。
但你說得對，所有基督徒該走向共融，不過新教與天主教對基督徒合一，雙方都是在近代才有小成，但亦有很多基督新教人士還很活躍地稱天主教為邪教或異端（不信你自己上網看看有多少這樣的短片）。相反，天主教及天主教徒近代卻很少這樣做，自梵二大會，教會更聲明為共融努力乃所有教徒的責任。基督新教 雖有不少同樣的運動，但卻很少有聯合的聲明。不少天主教徒自然嚮往合一，從新教的朋友中獲益良多，但無柰亦有不少因他們對天主教的誤解和攻擊而受到傷害。所以，你不能全怪天主教徒有所聲明新教與天主教之間有分別。
事實上，新教有很多東西比天主教做得更好，如福傳，款待，團契，與人同行，對聖經的熱忱等等；這些都是基督教會原共有的珍貴遺產，是天主教徒該當請教新教弟兄的。同樣，天主教真實擁有的聖傳，聖職，聖事，對靈修的深究，人身心靈真實聖化的見證，很多很多這些新教不幸從前誤解了而廢棄的，亦因此導致神學上的錯漏，新教朋友是雖承認並向天主教弟兄學習的。
除非能各踏前一步，真正的共融是不能達成的。
二，「阿們」與「亞孟」
這個原不該是天主教與新教之分的問題，而是譯音的問題。要知道，原文希伯來文，這字的發音，是頗接近用國語讀「阿們」的。「亞孟」用國語讀卻全不像了，但用粵語讀卻算可以。不知用台灣話讀哪一個較接近呢？
三，「神」與「靈」
啊，這個真是翻譯問題了。靈修的「靈」不是指「靈魂」，而是指「心靈」，如「心靈深處」。你用「神」譯這「深處」，但今天有些人見到「神」，卻會誤解為「神明」或「精神」，那麼「神修」就有一種「新紀元」思想，走偏了的味道。我亦聽過有人問，「神修」是不是天主/神修我們，我們不必做甚麼，只是空虛自己？那就變成了佛教的冥想了！
我看，靈修神修都沒所謂，說得正確明白就好了。