你的問題，我想在這裏不能盡答，但不少書及網頁都有詳述了。我在此只能輕描一二。
一，因信稱義
這其實並不是新教與天主教分歧之處，而是愛德與信德之間的關係。馬丁路德年代，因對所謂「大赦」(indulgence)普遍的誤解，又因那時教會內的腐敗，令人以為教會在教導救恩可買回來。馬丁路德因此強調除因信稱義外，還強調唯獨信德。
因信稱義是來自保祿書信的，天主教是跟隨的。不過，唯獨信德就有問題了，因為保祿，伯多祿及雅各伯的書信都說明，信了後，還需藉愛德工作成就救贖，見《斐理伯書》2:12及《雅各伯書》2:17.
傳統自宗徒時代，教會就明白與主修和，即成義，是完全耶穌所賜，我們只能藉信德領受。但對成義的回應，卻是終身的門徒生活，要我們甘願棄絕自己，天天背起十字架跟隨祂，才能最終得天國，即圓滿的救贖。所以，保祿在《斐理伯書》說要懷着恐懼戰慄來成就得救的事，《雅各伯書》說沒有行為的信德是死的。
但今天不少基督教派，都承認信德必須有愛德為證，雖然還說唯獨信德，但也有堅持愛德行為。只是往往仍沒有分清成義與得救之間，是要一輩子的轉化，兩者並不是同一樣的。
二，赦罪
天主教接受耶穌的確特別受權給宗徒們赦罪的權柄，這個不是後來想出來的，而是早期教會已有。最早的教會書信中亦有記載，司鐸的權柄不在司鐸，而是來自基督傳給宗徒，宗徒授於主教，主教一代一代傳授下來，傳授給其他神父司鐸，即是說，神父主教自身沒權能，但藉神品卻被授予基督的權能，去成聖聖體聖血，去赦罪，及其他聖事，及教導，和治理教會。
任何人細心查看教會歷史，都不能不承認，這信念源於宗徒時代，即必然是耶穌的教導。
馬丁路德因見教會人士腐敗，不能接受人的權威，否定天主能用罪人聖化及無錯教導，因而啟動了新教否定自宗徒時代就接納的授權和聖事。但歷史證明，教會二千年雖有不少腐敗的領袖，但神奇地在信仰和教導上，竟從來沒有背棄過原先所領受的。變更自然有，但不是背棄，而是深化的發展。細心閱讀天主教教理，就可見到，今天一切的教導，都有蹟可尋回聖言和最早的傳統。
三，大罪及小罪
這個是來自《若望一書》5章，很清楚呢。
若你真的想弄清楚，介紹你，去潛心研究早期教會作者，如 Pope St. Clement I， St. Ignatius of Antioch， St. Polycarp， St. Irenaeus， St. Justin Martyr， 和來自一世紀末的 Didache 一書。就是很多新教人士，讀了這些最早的證據後，不得不承認，天主教的確是忠於宗徒的教會。
耶穌在《若望福音》17章多次懇求聖父，願他們合而為一。今天教會四分五裂，就是將基督的身體分裂，實非祂的心願，亦極有損福音的公信性。惟願一天我們能接受真理，在聖神內合為一家。